小学生阿毛渴望着和蝴蝶一样自由地飞，却被沉重的分数压的恹恹的；大学生朱波热爱着一个美丽的女孩，却在象牙塔外强大的物质世界前灰心丧气。于是两个人走在一起，互相帮助，纯真的友谊擦亮了同一片天空, 深情的关爱拾起了各自的信心, 他们闯过了生活的关口，将飞得又高又远…
《黄昏少女×失忆》以创校60年以上的传统学校“私立诚教学园”为舞台。私立诚教学园建立在一座小山上俯瞰著整个城市，不过学园自创立以来，以“旧校舍的幽灵”为首的各式各样鬼怪故事和城市传说在学生之间流传。
一场洪灾让儿时玩伴澪和野江被冲散。澪被大阪料理名店天满一兆奄的老板娘收留，给予了澪温暖，也发现了澪极具料理天分。一场大火烧了店铺也葬送了老板的性命。澪和老板娘肩负着重振天满一兆奄之名，来到了江户。无意中被一家名为鹤屋的料理店老板发现，勾起了老板对已逝女儿的回忆，在发现澪颇具天分后，让澪在鹤屋帮起忙来。
但最初澪的料理并没有得到客人的喜欢，相反还惹怒了客人。使其料理之路步履维艰，在几次受挫和经由浪人小松原及永田医生的点拨和帮助后，澪悟出了大阪和江户饮食的差别，做出了改变。改良后的食物得到了肯定，但很快就被其它店铺模仿，于是澪开始思索真正属于自己的味道，鹤屋生意的兴隆让老牌名店嫉妒不已且暗中想要破坏；而另一方面，儿时玩伴野江也在江户，以自己的力量守护着澪······
